有效管理电力、食物和水资源是维持避难所稳定运行的核心。避难所的运作依赖于这些基础资源的持续供应，玩家需要根据居民数量和生产需求建造并升级相应设施，如发电站、餐厅和水处理室。电力资源尤其关键，因为整个避难所的功能都依赖于电力支撑；一旦电力不足，部分房间会停止运行，导致资源生产中断。合理分配居民到匹配其属性的工作房间可以显著提升生产效率，例如强壮属性高的居民更适合分配到发电厂。定期监控资源条状态，确保生产量始终高于消耗量，避免因资源短缺引发避难所功能瘫痪。
及时预防和处理各种灾害是保护避难所安全的关键。灾害包括火灾、虫害和外来入侵者等，它们的触发与人口数量相关，例如蝎子在55人口时可能出现，而死爪在61人口后出现频率增加。预防措施包括储备足够的治疗物品如消辐宁和治疗针，并为房间配备武装居民以快速响应事件。当灾害发生时，立即调动居民使用武器应对，并优先治疗受伤人员以减少损失。合理的房间布局如X形配置可以限制灾害传播范围，从而降低整体风险。
优化居民的健康、幸福度和属性可以显著提升避难所的整体效率。居民的健康状况直接影响避难所运行；如果被辐射，血条会变红，必须立即使用消辐宁治疗，否则健康值会持续下降直至死亡。提高居民的耐力属性可以增强他们对辐射的抵抗力，减少治疗需求。幸福度通过安排居民在适合的房间工作或建造广播室来提升；高魅力属性的居民能缩短广播站吸引新居民的时间。生育是增加人口的方法，但需管理以避免资源压力；训练居民的SPECIAL属性在对应训练室进行，能提高工作效率和应对能力。
科学的房间布局能够提高资源生产效率和灾害应对能力。避难所的布局应基于资源生产和安全管理原则，每层配置两个三联大房间和一个中房间加电梯，以最大化空间利用率。将相同工作类型的房间集中在一起便于管理，例如电力需求高的设施可优先设置在底层。避免过度升级房间，因为高级房间可能吸引更强的灾害事件。使用电梯和走廊合理连接区域，确保居民能快速调动应对突发事件，这种设计不仅提升操作便捷性，还减少灾害蔓延的可能性。
派遣居民进行废土探险和完成任务是获取额外资源的重要途径。废土探险允许居民收集武器、护甲和素材；选择属性高的居民并配备优质武器和药品，能提高他们在废土中的生存率和收获。任务类型包括资源收集、装备穿戴和居民锻炼等，完成这些任务可以获得瓶盖和其他奖励，帮助补充避难所资源。居民在废土中的进度虽不可见，但定期检查可以收集物品；不同属性的居民可能发现不同类别的资源，合理利用这些活动能促进避难所的持续发展。
