在火影忍者忍者大师的后期阶段，构建合理的阵容并激活羁绊是应对强大敌人的首要步骤。后期敌人往往具有高攻击力和复杂技能，因此需要选择互补的角色组成队伍，并充分利用羁绊系统提供的属性加成，如攻击力和生命值提升，以增强整体战斗力。平衡队伍中的角色类型，包括防御、输出和支援单位，确保在持久战中保持稳定，一些高等级羁绊组合在后期被广泛使用，因为它们能提供强大的群体攻击和控制效果，从而有效压制对手。
角色培养，包括升级、觉醒和技能提升，是后期提升战斗力的关键环节。通过挑战主线副本和竞技场获取觉醒材料，解锁新的天赋和属性加成，从而增强忍者的能力。觉醒时应优先考虑主角和高资质忍者，并尽量平衡觉醒顺序，避免资源过度集中于单一角色，以确保队伍整体实力的均衡发展。培养过程中，使用自动添加功能快速升级，并注重忍者的属性增长，以应对高难度挑战。
装备的强化和精炼，以及资源的合理分配，能显著增强队伍在后期战斗中的实力。穿戴高级装备并进行强化、精炼和升星操作，可以提升攻击和防御属性，同时应优先使用银币和金币优化装备等级。资源管理方面，魂玉可用于兑换查克拉结晶，避免不必要的消耗，如保留刷新卷轴以备关键用途，确保在后期资源短缺时仍能维持装备的持续升级。
掌握战斗技巧，如合理使用忍术和连击，以及利用团队配合，能有效应对后期的高难度敌人。在战斗中观察敌人的弱点，进行针对性攻击，并结合地形优势规避陷阱和伤害。合理分配经验值提升角色能力，并使用回复道具控制战斗节奏，避免拖延导致不必要的损失。团队协作中，利用不同角色的组合技能增强输出和控制效果，确保在关键时刻发挥最大战斗力。
关注游戏更新中的新系统，并避免常见错误，有助于在后期持续进步。例如护佑系统等新增功能可以通过点亮护佑石激发队伍更强战力，同时应避免分解无用忍者以保留潜在资源。在资源有限的情况下，优先投资于核心装备和高优先级角色，并根据敌人类型调整战术策略，确保在面对强大对手时能灵活应对并逐步提升实力。
